云南白藥由云南名醫曲煥章創制，由獨家掌握其配方并秘密配制。
   曲煥章原來是云南江川一帶有名的傷科醫生，后為避禍亂，游歷滇南名山，求教當地的民族醫生，研究當地草藥，苦心鉆研，改進配方，歷經十載，研制出“百寶丹”，另外他還研制出虎力散、撐骨散的藥方。民國五年（1916年），曲煥章將它們與白藥的藥方一起交給云南省政府警察廳衛生所檢驗，合格后頒發了證書，允許公開出售。民國六年（1917年），云南白藥由紙包裝改為瓷瓶包裝，行銷全國，銷量驟增。，，民國十二年（1923年）后，云南政局混亂，曲煥章在此期間，鉆研配方，總結臨床經驗，使云南白藥達到了更好的藥效，形成了“一藥化三丹一子”，即普通百寶丹、重升百寶丹、三升百寶丹、保險子。此時百寶丹已經享譽海外，在東南亞地區十分暢銷。民國二十年（1931年），曲煥章在昆明金碧路建成“曲煥章大藥房”。

   1955年，曲煥章的妻子繆蘭英向政府獻出該藥的配方，之后云南白藥開始在其他藥廠生產。
   1880年出生的曲煥章，1902年就研制出了百寶丹，那時他才年僅22歲，如此年輕的一個山村郎中是怎樣研制出日后聞名天下的云南白藥的呢？而那些流傳于街頭巷尾、茶樓酒肆的故事，相對于白藥淵源本身來說，似乎顯得更為神奇。傳說有一天，曲煥章上山采藥，看見兩條蛇正在纏斗。過了一會兒，其中一條敗退下來。這條氣息奄奄的蛇游到一塊草地上蠕動了起來。此時，奇跡發生了，不一會兒，蛇身上的傷口變得完好如初。曲煥章等蛇游走后，拿起那草仔細辨認，他認定這草一定有奇效。于是，綜合民間傳說和自己平時療傷止血的經驗，曲煥章終于創制出了百寶丹。
    隨著制藥業的發展，不同劑型的需求日顯突出。云南白藥除散劑外，還開發出膠囊劑、酊劑、膏劑、氣霧劑等。除此之外依病情不同，有經驗的醫生還會把云南白藥于其他藥物配伍，制成其他劑型。 
   1955年，曲家人將“云南白藥”秘方獻給了云南省政府。衛生部在關于《衛生工作中國家秘密及其密級具體范圍的規定》說明中明確表示，“絕密級事項其一就是被列為國家重點保護的中藥制劑，是指由衛生部確定的中成藥。如云南白藥，其保密期限為長期。”
1955年，曲家人將”云南白藥”秘方獻給了云南省政府，次年國務院保密委員會將該處方、工藝列為國家保密范圍。
1984年8月，國家醫藥管理局將云南白藥配方、工藝列入國家絕密。

在2010年至2012年間，云南白藥共生產銷售云南白藥（4克/瓶）1億瓶、云南白藥膠囊（0.25克/粒）17億粒。
2012年，云南白藥實現營業收入136.87億元，較2011年同期凈增23.75億元，增幅為20.99%。
2013年，云南白藥實現營業收入158.15億元，較2012年同期凈增20億元，增幅為14.47%。
2014年，云南白藥實現營業收入188.14億元，較2013年同期增長30.00億元，增幅為18.97%。
2015年，云南白藥營業收入207.38億元，較2014年同期增長19.24億元，增幅為10.22%。
2016年，云南白藥實現營業收入224.11億元，較2015年同期增長16.73億元，增幅為8.06%。
2017年，云南白藥實現營業收入243.15億元，較2016年同期的224.11億元凈增19.04億元，增幅8.50%；實現利潤總額36.22億元，較2016年同期的33.98億元凈增2.24億元，增幅6.60%。